交通运输学院团委下属各类学生组织13个，包括学生综合服务类、文体类、科技类、学术类等，由学院团委统一管理。现参加各学生组织的学生人次约850人，各类社团活动琳琅满目，花样繁多，覆盖40%以上的交运学生。ET口语社、 CG手工社、绿色联盟、动物保护协会曾多次被评为上海海事大学四星社团。一直以来，学院内各学生组织始终发挥着凝聚学院学生、繁荣校园文化、推进校园民主、加强道德教育和拓展青年视野的作用，丰富了学生的校园生活，已日益成为深化“大学生素质拓展计划”的重要载体，充分发挥学生组织在大学生思想政治教育和综合素质培养中的独特作用。树立和宣传我校学生组织的先进典型，展现我院学生组织的时代形象，使学生组织成为大学生展示才艺、增长才干、磨练意志、锻炼能力的舞台是每个社团孜孜不倦追求的目标。我院始终秉承着“影响、传承”的精神，贯彻“服务社团、建设社团、树立品牌、办出特色”的方针，不断开拓创新，发挥服务社团的功能，使学生社团成为学校课堂教学之外的有益补充和促进校园文化建设的重要力量。
云滇海燕公益社成立于2015年，将暑期支教与日常支教相结合，为社会服务，为远离都市的山区孩子们奉献爱心，为他们提供更好的资源。同时，还将为外来务工子女以及孤寡老人开展一系列的帮扶活动。云滇海燕公益社向每一个需要帮助的人奉献爱心，爱永远在路上。公益社举办有“针线上的温暖”、“图书义卖”、“爱暖回家路”、“老兵访谈”以及“携手沪江网校送福利”等活动，并参与了“阳光之家”项下的各类公益活动。
交通运输学院抒心坊是一个关注院内学生心理健康，普及心理常识，培养同学们对于心理知识的兴趣，协助心理委员展开心理建设的院级社团。品牌活动有心理征文、心理情景剧、心理海报设计大赛、大学生日常心理讲座、心理委员培训班等。
管理者素质促进会是隶属于交通运输学院，为学院制作刊物的学术性社团。社团成员联合编辑了多期《管理者》，内容涉及了各个方面，包括行业前沿动态、学术研究、就业、音乐等贴近生活的话题。学院学生们都踊跃参与《管理者》的资料搜集，尽可能完善信息，为大家呈现最好的学生杂志。
交运职协为卿云工作室开展职业教育活动的执行机构，重点协助卿云工作室完成职业咨询与职业教育活动的开展工作。交运职协通过开展生涯人物访谈、职业生涯规划大赛、群英汇、企业知识竞赛等精品活动，旨在普及职业生涯理论知识，帮助大学生树立正确职业道德观，合理规划职业生涯，培养并提升大学生的职业素养与职业能力，促进我院学生职业生涯发展。
上海海事大学动物保护协会成立于2006年，隶属于交通运输学院团委，是海大校园的学生公益性组织团体，旨在向全校师生宣传先进的动物保护理念，保护及救助身边的伴侣动物、野生动物，关注动物的生存权利、动物福利，用热情去改变人们对待动物的观念。社团开展了校园观鸟、制作猫窝等活动，用实际行动展现了他们保护动物、爱护生灵的决心。
上海海事大学ET口语社是一个英语口语学习社团，旨在通过海大英语之星、英语电影观看等活动，激发学生的英语学习兴趣，锻炼大家的英语口语水平。口语社也与外国交流生联谊，促进中外学生交流，增进中外学生友谊，开拓学生的国际视野。作为社团的经典活动，晨读为大家提供了展示自我、提升英语应用能力的平台，完美响应了社团“English Talking Now”的口号。
同心互助会是在365足球比分网资助管理委员会的基础上新晋成立，积极致力于组织交通运输学院优秀贫困学生参与资助管理工作，协助整理家庭经济困难学生认定材料，开展学院诚信、感恩、奖优助困等活动，践行“同一颗心，互相帮助，让爱与梦想同行”的宗旨，做好学院贫困生的资助工作。
上海海事大学礼仪队自2004年创立至今，同学校共成长，已经度过了许多春秋。而自创立伊始就确立了“提升气质，锻炼能力，用微笑服务海事”的工作理念，使得历届队员们都散发着青春、优雅、向上的气息。经过历届队员们的努力如今礼仪队已然成为了海事对外的一个美丽窗口。
上海海事大学CG社团是融娱乐性、知识性为一体的非盈利性社团组织，以心灵手巧为目标，同时致力于手工制作和公益，以及冷节日的宣传。CG社开展的川崎玫瑰折纸教学、织围巾、手工大赛等活动，吸引了众多老师和同学的参与，不仅锻炼了大家的动手实践能力，也让大家学习到了一项实用的技能，为周边的人带去温暖。
海博学社是积极致力于为交通运输学院的同学们提供共享学习资料与交流学习经验和方法的平台，通过开展补习班、个性化辅导、学长学姐见面交流等活动，不仅帮助学习困难学生，也让优秀的同学学会分享与帮助，参与学风建设与管理，树立主人翁的意识。梦想八十八天、易站到底知识竞赛、优秀学风评比、超级大学生等大型活动也提升了同学们学习的积极性和追逐梦想的自信心。
交通运输学院国航风学术团是一支立足国航，面向全校的学生社团，它成立于2005年9月，其前身是海大历史悠久的国航系学生会。主要组织交通运输学院内外活动，代表国航系及交通运输学院参加各类比赛，为交通运输学院及国航系师生服务，并致力于发扬交运学子学术和阳光的特质，为其注入新的活力。国航风的队伍正在大家的积极参与下不断壮大，新生辩论赛、双旦晚会、团体辅导等活动也备受大家的青睐。
心引力学生会隶属于365足球比分网，组织承办各类学生活动。迎新晚会、新生篮球赛、舞林大会、海潮音乐节等都是心引力的品牌活动，在同学之间也获得了很好的口碑。这十多年来，一群朝气蓬勃、激情洋溢的心引力人在这些活动中进步、收获、成长。他们怀揣着同一个梦想，共同筑起了一片属于心引力的天空，用实际行动证明了“从心开始，引力无限”。
